Para a implementação dos seus negócios, o IEL/SC conta com as áreas Estágio Responsável e Gestão e Inovação, atuando em conjunto com a área Relações com Mercado. As áreas de negócio são constituídas pelos respectivos coordenadores e equipes técnicas, sendo apoiadas pelas áreas Gestão Organizacional, Administrativa e Financeira e áreas integradas do Sistema FIESC, entre elas: Gestão de Pessoas, Tecnologia da Informação e Comunicação, Controladoria e Auditoria, Assessoria de Imprensa e Diretoria Jurídica. A estrutura organizacional do IEL/SC é composta ainda pelos órgãos de gestão, constituídos pelas instâncias diretivas, como a Superintendência e a Diretoria Administrativa e Financeira, além dos demais órgãos consultivos e deliberativos.
A partir de 2006, no âmbito do Projeto Interiorização, foram instituídas as Regionais, as quais têm por objetivo promover a interação do IEL/SC com os complexos industriais e as instituições de ensino e pesquisa em nível regional, atuando nas demandas locais/regionais. O IEL/SC, por meio dessa iniciativa, incentiva a ampliação da rede IEL no Brasil.
Disposição da estrutura organizacional do Instituto Euvaldo Lodi de Santa Catarina:
